對于仍處于水污染高發期的中國，管好用好防治資金至關重要。但遺憾的是，2008年，僅針對“三河三湖”以及環渤海地區的國家審計就發現，水污染防治資金存在的“漏洞”接近54億元。
其中，“三河三湖”所涉水污染防治資金，存在少征、套取、挪用和截留的資金高達41.68億元；環渤海地區13市少征、違規使用水污染防治資金等達11.85億元，兩項累計近54億元。
2009年6月24日，審計署審計長劉家義在十一屆全國人大常委會第九次會議上做《國務院關于2008年度中央預算執行和其他財政收支的審計工作報告》（下稱《報告》）時，透露了上述信息。
“三河三湖”問題資金近42億元
《報告》稱，“三河三湖”13個省（自治區、直轄市）部分地方的水污染防治資金，征收管理不夠嚴格。一些部門和單位少征、套取、挪用和截留水污染防治資金，高達41.68億元。
“三河三湖”是淮河、海河、遼河和太湖、巢湖、滇池的簡稱。因為這些流域人口稠密、經濟和社會發達，因此被普遍認為是中國水污染防治工作的重中之重。
到2008年，根據環境保護部（下稱環保部）公布的數據，海河水系整體水質仍然為重度污染狀態，淮河和遼河雖然略好一些，但也處于中度污染狀態。
三湖的情況也不樂觀。除巢湖的整體水質為V類，太湖和滇池仍然整體維持劣V類水質，即在水質分類標準中最差的一類。
在部分資金被挪用和截流的同時，對水污染治理至關重要的很多項目也進展遲緩。
《報告》發布的當天（6月24日），環保部有關負責人通報的《淮河流域水污染防治規劃2008年度實施情況》就顯示，該流域的部分治污工程項目進展依然緩慢。
截至2008年底，列入《淮河流域水污染防治規劃（2006-2010年）》的656個治污工程項目，才完成347個，占53%；除了正在調試的，尚有39%的治污項目未能建成。
此外，江蘇、安徽、山東和河南四省淮河流域轄區，雖然都已實現縣級以上城市建成一座或一座以上污水處理廠，但由于流域城鎮污水處理廠管網不配套，造成負荷率不高；污泥得不到妥善處置、技術人員少和運行管理不規范等問題仍然存在，城鎮污水處理廠削減污染效能也有待提高。#p#分頁標題#e#
環渤海近半數開發區污水未集中處理
審計署同時發現，環渤海地區13市少征、違規使用水污染防治資金等達11.85億元。
而截至2007年底，環渤海地區的13市，“十五”期間計劃建設的86座污水處理廠中，有23座尚未開工建設。在34個開發區中，更有近半數（15個）未建成污水集中處理設施；僅2007年一年，就有4000萬噸污水未經處理直接排放。
事實上，早在2008年3月-9月，審計署對環渤海地區2006年-2007年水污染防治情況進行專項審計調查時就發現，渤海海域水污染防治問題重重。
其中，渤海沿岸部分地方政府，違法違規用海面積達189平方公里，欠繳海域使用金高達48.7億元。并且，個別地方政府對海洋傾倒廢棄物的管理十分薄弱，改變海洋生態環境的同時，進一步加劇了污染。
審計署的《報告》指出，截至2007年底，渤海16個臨時性傾廢區中，有七個已超過使用期限而未按規定封閉，個別地方還存在政府干預海洋執法、主管部門違規審批傾倒或單位擅自傾倒等問題。
針對渤海流域的《渤海環境保護總體規劃（2008-2020年）》，已于2008年底獲得國務院批準。目前，相關地方政府也正在追繳少征、挪用和截留的資金，并追究相關人員責任。
第二大水電站招標存在違規
在對重大投資項目的審計調查中，審計署還發現，部分重大水電站工程建設項目還存在投資控制不到位、招投標管理不嚴格的現象。
以金沙江溪洛渡水電站工程為例，該工程應招標的464個分項目中，219個未按規定招標。而三峽總公司所屬三峽國際公司在代理招標過程中，根據內部標準收取代理費2571萬元，超出國家標準收費1010萬元。
此外，該水電站在項目投資控制方面也不到位。抽查總金額38.17億元、完成比例在90%以上的264份工程合同時發現，實際完成投資累計超出合同金額10.97億元。#p#分頁標題#e#
2005年12月26日開工的溪洛渡水電站，是中國第二大水電站。其設計裝機容量為1260萬千瓦，僅次于三峽工程；整個工程預計于2015年竣工，總靜態投資達503億元。
而在病險水庫除險加固工程的審計調查中，審計署發現，截至2008年底，調查的18個省（自治區、直轄市）已完成的病險水庫除險加固工程，少數工程還存在質量缺陷。
這包括：已開工的3332個項目中，有844個存在延長工期問題；現場勘察的554個項目中，92個因擅自減少或變更部分主體工程，38個因偷工減料，32個因設計漏項或初步設計不到位等問題，導致除險加固工程基本完工后，水庫仍存在安全隱患。其中29座水庫主體工程質量問題較為嚴重，甚至影響到水庫的防洪能力。
此外，《報告》還指出，一些水庫除險加固工程建設和財務管理比較混亂。抽查的554個項目中，194個存在未依法招投標問題，95個被違規轉分包。重點抽查的220個項目中，51個項目的5658萬元建設資金被個人和單位侵占，42個項目的1.53億元建設資金被違規出借或挪用。
針對上述問題，目前水利部等部門已專門發出通知，要求有關地方和單位整改。三峽總公司已糾正和收回3600多萬元；各地已整修或重建了23個存在質量問題的水庫，收回挪用或多支付的資金6550萬元，十個省（自治區、直轄市）還出臺了16項制度。
不過，對于余下未被追回的挪用或多支付的資金，審計署的《報告》并未給出更多解釋。
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